Antibiotika er legemidler som dreper bakterier. Diaré skyldes imidlertid ofte virus og ikke bakterier. Antibiotika hjelper ikke mot virus, og det er derfor galt å gi . Diaré er en vanlig komplikasjon til bruk av antibiotika. I de fleste tilfeller er dette en kortvarig og lite plagsom tilstan men i noen tilfeller fører det til sykdom i . Når man tar antibiotika er det ikke uvanlig at man får løs mage som bivirkning. Ved matforgiftning får man ofte magesmerter og oppkast i tillegg til diaré.
Vi anbefaler ikke friske folk å ta antibiotika mot diaré, hverken forebyggende eller som behandling. Fordi antibiotika virker mot strukturer som i hovedsak finnes i bakterier unngår vi at våre egne. Løs mage eller diaré er en vanlig bivirkning ved antibiotikabruk. Mange får diaré samtidig med antibiotikabehandling. Det er ikke vist at forebyggende behandling mot reisediaré med frysetørkede melkesyrebakterier har . Bruk av probiotika kan ha en viss beskyttende effekt mot antibiotikaassosiert diaré.
Disse kan også bidra til etablering av en sunn bakterieflora . Diaré, uvanlig hyppige eller tynne avføringer. Bakteriefloraen i tarmen kan også forstyrres av antibiotikabruk.